Podle závěrů protokolu Nejvyššího kontrolního úřadu o provedené kontrole, který si převzal státní podnik ŘLP ČR, postupuje podnik při své činnosti v souladu se všemi příslušnými právními normami. Protokol slouží jako základní podklad pro zpracování závěrečné zprávy NKÚ o provedené kontrole, která bude vydána v lednu 2014.

Plánovaná hloubková kontrola NKÚ č.13/16 s názvem „Majetek, s nímž má právo hospodařit státní podnik Řízení letového provozu České republiky“, probíhala v podniku od 19. dubna do 29. října 2013. Její věcná působnost se zaměřila především na zadávání veřejných zakázek, hospodaření podniku, nakládání s určeným majetkem a vedení účetnictví. Časová působnost kontroly se vztahovala na období let 2011 a 2012.

• veřejné zakázky –  ve všech případech kontrolovaných veřejných zakázek postupoval podnik při výběru dodavatele plně v souladu se zákonem č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách. V oblasti zadávání veřejných zakázek tak nebylo zjištěno žádné pochybení.
• hospodaření– protokol NKÚ vyzdvihuje skutečnost, že v roce 2012 i přes meziroční pokles letového provozu a z něho plynoucího příjmu, zaznamenal ŘLP ČR, s.p. u provozního výsledku hospodaření maximum za sledované pětileté období ve výši 348 798 tisíc Kč. Tento příznivý trend byl v tomto roce zachován především úsporami nákladů a zvyšujícím se výnosem z ostatních aktivit podniku.
• nakládání s určeným majetkem – určený majetek byl zaúčtován na správných majetkových účtech a splněna byla povinnost jeho inventarizace. Podnik vede jeho evidenci v souladu s platnými předpisy. V oblasti kontroly stavu určeného majetku v majetkové evidenci a evidencí na listech vlastnictví v katastru nemovitostí nebyl zjištěn nedostatek.
• vedení účetnictví - v případě účetnictví z protokolu vyplývá, že podnik vede účetnictví v souladu s českými právními normami a účetními standardy. Zjištěné nedostatky v této oblasti se týkají zejména objednávek (pozdní vystavení nebo nedoložení několika objednávek v řádech tisíců korun).

Všechny zjištěné nedostatky, které závěrečný protokol uvádí, jsou formálního charakteru, bez negativního vlivu na hospodaření podniku a většinou byly odstraněny již v průběhu kontroly.